Pemerintah Kota Samarinda menetapkan 10 Program Unggulan sebagai instrumen utama untuk mengakselerasi perwujudan visi Kota Pusat Peradaban:

1. Program Pembangunan dan Pemberdayaan Masyarakat (PROBEBAYA): Alokasi dana pembangunan dan pemberdayaan yang diturunkan langsung ke tingkat Rukun Tetangga (RT) untuk memastikan pembangunan yang partisipatif dan merata.
2. Program Pengendalian Banjir: Fokus pada penanganan banjir melalui normalisasi sungai, pengerukan sedimen, serta pengamanan aset daerah di sepanjang bantaran sungai.
3. Program Pembangunan Sistem Drainase Modern: Pembangunan dan perbaikan sistem saluran air kota yang terintegrasi untuk meminimalisir genangan di wilayah pemukiman dan jalan protokol.
4. Program Samarinda Smart City: Pengembangan ekosistem digital dalam tata kelola pemerintahan dan pelayanan publik untuk menciptakan kota yang lebih cerdas dan efisien.
5. Program Peningkatan Pelayanan Publik: Transformasi birokrasi melalui penyediaan Pusat Pelayanan Terpadu dan kemudahan akses perizinan bagi seluruh warga.
6. Program Pembangunan Infrastruktur Jalan dan Jembatan: Peningkatan konektivitas wilayah melalui pemeliharaan rutin dan pembangunan akses jalan serta jembatan penghubung yang representatif.
7. Program Peningkatan Kualitas Pendidikan dan Kesehatan: Peningkatan fasilitas sekolah, layanan Puskesmas, serta jaminan kesehatan masyarakat sebagai pilar utama kualitas hidup.
8. Program Penataan Kota dan Ruang Publik: Penciptaan ruang terbuka hijau (RTH), taman kota, dan penataan kawasan tepian sungai sebagai wajah kota yang estetis dan humanis.
9. Program Peningkatan PAD dan Kemandirian Ekonomi: Optimalisasi Pendapatan Asli Daerah melalui sistem digitalisasi pajak dan retribusi untuk mendanai pembangunan secara mandiri.
10. Program Penguatan Ekonomi Rakyat dan UMKM: Penyediaan bantuan modal, pelatihan keterampilan, dan pembukaan akses pasar bagi pelaku usaha lokal di Samarinda.